A、pH=3的CH3COOH溶液中氢离子浓度为0.001mol/L，醋酸部分电离，醋酸的浓度大于0.001mol/L，pH=3的HCl溶液中HCl完全电离，HCl的浓度为0.001mol/L，所以醋酸的浓度大于HCl的浓度，故A错误；
B、pH=3的CH3COOH溶液中酸部分电离，酸的浓度大于0.001mol/L，pH=11的NaOH溶液中氢氧化钠完全电离，碱的浓度为0.001mol/L，所以混合后酸有剩余，所以c（CH3COO-）＞c（Na+），故B错误；
C、pH=11的氨水和pH=11的NaOH溶液中氢氧根离子浓度相同，碱的浓度不同，氨水中一水合氨部分电离，所以氨水浓度大消耗的盐酸的量多，故C错误；
D、pH=11的氨水与pH=3的盐酸溶液等体积混合，氨水平衡状态下的氢氧根离子浓度和盐酸溶液中的氢离子浓度相同恰好反应，氨水又电离出铵根离子和氢氧根离子，所以氨水有剩余，所以溶液pH大于7，故D正确；
故选D．
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