A、原核细胞的光合作用过程中二氧化碳的固定，不是发生在细胞器中，A错误；
B、肽键形成过程的氨基酸的脱水缩合反应，发生的场所是核糖体，乳酸杆菌具有核糖体，因此，乳酸杆菌中肽键的形成一定发生在核糖体，B正确；
C、叶肉细胞的细胞质基质中可以通过有氧呼吸的第一阶段和无氧呼吸的第一阶段产生[H]，C错误；
D、蓝藻能进行光合作用，但是光合作用的场所不是叶绿体，因此蓝藻能产生氧气，但是氧气的产生不是在细胞器中，D错误．
故选：B．
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