（1）基因型为Dd的豌豆在进行减数分裂时，能产生两种比例相等的雌配子，也能产生两种比例相等的雄配子，但雄配子的数量远远多于雌配子，（1）错误；
（2）基因自由组合规律的实质是：在Fl产生配子时，等位基因分离，非同源染色体上的非等位基因自由组合，（2）错误；
（3）基因型为Aabb的玉米能产生Ab和ab两种精子，基因型为aaBb的玉米能产生Ab和ab两种卵细胞，受精时，雌雄配子随机结合，因此将基因型为Aabb的玉米花粉授到基因型为aaBb的玉米穗上，所结籽粒胚的基因型为AaBb、Aabb、aaBb、aabb，（3）正确．
因此，只有（3）一种说法正确．
故选：A．
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