首先,土地二轮承包的时间是1998年。因此,你所说的1995年村支书与妇女主主任外逃的事情,并不影响土地承包权证发放。
其次,农业税费的取消在2004年左右,之前的确有许多抛荒田,各地的做法也是两年回收归集体的政策,这一点村里做法也没有问题。
第三1999年村委补发证书,是符合法律规定的。因为,土地二轮承包权证的发放主体,就是县市级人民政府。
第四除了土地权证,更为重要的是每年的春订方案。春订方案上有人口与劳力具体方案,是经每家每户的户主签字的,因此,如果有异议,基本上不会隔年就会提出,即每年三四月份就用提出异议。
综上,你所说你外婆家不知道情况,未征询或者未通知一事,并不符合现实情况。至于你所说你外婆出转让手续,这个在实际操作并没有硬性要求。因此,如果你外婆家异议,2000年3月份肯定会向村两委提出。没有提出,说明是默认。
因此,村里工作没有可指责的地方。根据二承包及土地权证的使用规则,土地是要不回来的。你外婆能做的,就是向村两委说明家中人员结构与土地需求,然后在村组内部调剂。