细菌的16S rDNA序列测定基本都能鉴定到属，由于16s的基因序列长度有限，可变区也有限，只有1500bp左右，只有部分细菌能鉴定到种。如要鉴定到种可结合16s-23s可变区进行，但有些细菌的该区域还没完成测序。
