有很多方法，可以下载软件也可以在线构建。
在线构建可将你的序列输入PUBMED的Blastn中进行对比，结果中有一种就是系统发育树，但里面残余对比的序列太多，逆序挑选一下。
软件有很多，比较简单的是DNAstar中的Megalin，但结果比较粗。
推荐用Clustal X软件进行同源性比对后，运用MEGA3.0软件进行系统发育分析并绘制系统发育树，也很简单，看看说明就会。
比较公认的严谨的是philip系列软件，但操作复杂。
请问您是怎么做的吗，我正在纠结着呢，Blast比对结果和建树结果不一致，是不是因为建树前的处理不对？谢谢，非常着急！希望尽快得到的您的回复，我的邮箱是gengyuli1234@sina.com
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