A、基因是有遗传效应DNA片段，A正确；B、基因主要存在于细胞核中，少数存在于细胞质中，B错误；C、基因是遗传物质的功能和结构单位，C正确；D、一条染色体上有许多个基因，基因在染色体上呈线性排列，D正确．故选：B．
