这种情况怎么办好?

不算矛盾，只是一个小摩擦而已。
通过这件事，可以看出来：（1）你追求公平（2）但细微的事情上你有些斤斤计较，过于看重自己的利益并清楚划分你与其他人的界限，过于自我（潜意识里）——希望你能够宽容一些，不要斤斤计较一些无所谓的小事情。（3）你的做法其实在你这个年龄阶段实属正常，所以你不必过多介意，以后成熟了自然会懂。（4）性格上你比较安静，比较柔，但不愿意因为自己的性格去吃亏，这点非常好，但也要分时候，懂得事情轻重。值日多干或者少干，并不是多大的事情，不会影响你什么，并不意味这你多干活了而导致别人觉得你好欺负或者怎样。
再分析你的同学，她爱指挥，纵然做事情的时候缺少不了指挥者，但你觉得，她欠缺主动性，少了一些公平，这一点或许她自己并没有意识到，才导致的这个小摩擦。你必须知道，做一件事情的时候，是需要有个指挥者的，事情才能有序进行，而且如果她是个大度友好的人，她是不会介意你一时“罢工”的态度的，或许当时会生气一些，但事后气消，并不会有碍你们的友谊。
我觉得你就跟平时一样和她相处就好，不要总是纠结小事情，也不要刻意去讨好，如果你还是觉得她对你的态度不对的话，你可以找个时间跟她交流，把话说开，但是不能一味只说她的不好，其实你自己也有不对的地方，既表明自己，也说服别人，这样才能促进你们的友谊更长久。